在最后占领了郧阳府以后，李定国也分派人马，分别把守各地，由第七军驻守襄阳、勋阳，保卫湖北北面；第八军驻守荊州、施州，保卫湖北西面；自己和李牟、段鹏以及第六军、十五师返回武昌府驻扎，又让李过、高一功返回忠贞营，将其他士兵、以及家属都接到武昌府来安置。而堵胤锡向李定国提出要求，希望能够到杭州去和商毅见面，当面交谈，然后再决定自己的去向。
于是李定国、李牟、段鹏三人又联名将收复湖北的过程写成公文，以及堵胤锡的请求，全一起传到杭州，请商毅决定，并要杭州派遣一部份文职官员过来，接管湖北的行政工作。
十天之后，李过、高一功带领着忠贞营的全部士兵和家属到达武昌府，同时商毅的回复也传到了武昌，首先对湖北集团军的表现大加赞扬了一番，随后又下令，十五师和骑兵团返回长沙驻扎，并让湖北军区加强对湖北的守卫，谨防清军的进攻，并由李牟暂时兼任湖北省长，行使地方的行政权力，派来的行政官员也会马上到位，并且立刻开始组织百姓进行春耕，以及土地分配工作。
忠贞营整编的二个旅的番号为第三十旅，旅长李过、副旅长刘芳亮、参谋长刘汝魁，下辖两个团的团长为贺篮、田虎，属第七军编制；第三十一旅，旅长高一功，副旅长袁宗第、参谋长刘体纯，下辖两个团的团长为马重禧、张能，属第七军编制；其他降清反正的大顺军将领，如田见秀、张鼐、吴汝义、李友、李孜等人，根据这次功劳大小，授营连级军官的职务。而其余忠贞营的士兵也都重新编制，士兵及军官的待遇标准，也都按商家军的统一标准执行。
不过现在三十旅和三十一旅都还不能算是商家军正式的作战部队，因此暂时并不去其编属的军部报到，而是留在武昌府，和其他的新兵一起，接受训练，然后参加考核测试，合格之后，才能算是商家军的正式士兵，配发火枪等武器。
而忠贞营的家属也按先前说好，在武昌府内找地方安置下来，造籍登册，然后依据毎户人口的数量，分配给相应的土地，并发给种子、农具进行耕种。并同样享有鼓励耕种的减税政策。当然如果有人不想务衣，愿意经商、办厂、做工，也都悉听尊便，并按应分配的土地数量，补偿相应的白银。
李过、高一功、刘芳亮、袁宗第等忠贞营的诸将见商毅确实言而有信，尊守承诺，而且一切的侍遇也都依照商家军的条例，一视同仁，并无岐视，也就都放下心来，安心的留在武昌府，接受训练，争取早曰通过考核，成为商家军的正式士兵。
而堵胤锡提出想和商毅面谈的要求，商毅也表示了欢迎，因此李定国、李牟、段鹏也马上安派下船只，送堵胤锡，以及所抓的清军俘虏去杭州。