因为李雄事件，巴根台受到了木华黎万户和成吉思汗的斥责，但是并无严厉的惩罚。特种兵们感到巴根台诺颜变了，他越来越暴躁易怒，越来越多疑猜忌，目光也越来越凌厉狰狞。他动不动就鞭打部下，呵斥友军，对待敌人也越来越残暴，谁也不知道这是为什么。
巴根台拼命的克制自己，可是徒劳无益，他仍然不可遏止的大发雷霆。有时候他绝望的想，也许他已经得了战争焦虑综合症，他拼命的掩饰，努力表现的像个正常人，这让他更加暴躁。他感到他的特种兵们还是离他越来越远了，过去一个眼神他就知道部下们想什么，现在没有一个特种兵敢于正眼看他，也没有一个友军愿意和他协作交流，巴不得躲的他远远的。
成吉思汗是不可能看着东北的局势恶化的，他也不会抛弃忠实的朋友，他决定帮助耶律留哥。这一年秋，他派也特哥帅数千蒙古骑兵护送耶律留哥来到咸平府归仁县地区，召唤契丹旧部，重整部众。木华黎也派特种部队配合耶律留哥招降纳叛，巴根台大开杀戒，先后暗杀了耶厮不、喊舍、乞奴等契丹叛将。叛军阵营汲汲惶惶，无日不惊，那些蒙古特种兵简直防不胜防，怎么都难逃一死。
在蒙古人的大力支持下，耶律留哥的势力逐步恢复，而叛军势力则越来越衰弱，逐步向辽东退却。蒙古人和耶律留哥步步紧逼，重夺咸平府、韩州、信州、贵德州、隆州等地，将叛军一直逼到了高丽半岛。巴根台将耶律留哥的夫人姚里氏和长子薛阇等夺回，交到耶律留哥手中，留哥感激涕零，立即就派长子薛阇进入怯薛军，入侍大汗斡尔朵，表示完全的效忠。
安定了留哥，就等于扫清了木华黎南进的障碍。正当木华黎所部秣兵励马，准备南下东京辽阳的时候，被围已久的中都城终于陷落了，完颜承晖自尽，石抹燃尽忠突围。
此时成吉思汗正在恒州避暑，得到三木合拔都的捷报，立即派失吉忽图忽、汪古儿、阿儿孩合撒儿三人，到中都去清理府库财产。更重要的是，他要得到一个金国的大人才，就是后来的蒙古名臣契丹人耶律楚材！失吉忽图忽等将金国中都府库的无数金银财宝全部运到漠北草原，然后纵兵抢掠，中都吏民死伤无数。宫室也被乱兵焚烧，大火月余不熄，金朝祖宗的神御及诸妃嫔也被乱兵抢走了。
蒙军占领中都以后，成吉思汗亲自来到了中都城。他坐镇中都，一面兵分几路继续攻城略地，一面派使者去招降金国皇帝。西路军由三木合拔都率领一万蒙古骑兵，借道西夏攻克潼关、京兆、汝州等地，直达金朝的南京汴梁地区，大掠河南，前锋到达开封附近的杏花营。中路军由蒙力克的儿子脱仑巴特儿率领，攻克真定，水淹东平，占领了东平所辖全境。
而此时蒙古大将史天祥、萧也先、木华黎等已经渡过辽河，形成东路大军，他们进攻平州、广宁等地，进围东京辽阳。整个北中国，金国大势已去。成吉思汗处心积虑的狼群战术，终于到了给金人最后一击的时刻。
在加紧收获胜利果实的时候，成吉思汗仍然不忘向他的仇人实施心理战。蒙古使者阿刺浅到达汴京，转达了成吉思汗讲和的条件：“以河北、山东未下诸城来献，及去帝号为河南王，当为罢兵。”
金宣宗拒不投降，各路蒙军加强攻势，秋天的时候，三路大军已经夺取城邑八百六十有二。在短短几个月内，黄河以北几乎都成了蒙古人的天下，而西路大军已经在三木合拔都率领下，从潼关以南的群山中杀出，出其不意的兵临汴梁城下。
在长达数千公里战线的东段，巴根台率部随木华黎南下，协同耶律留哥击败了蒲鲜万奴，攻克东京。随后木华黎进军高丽，逼迫高丽王出兵40万围攻契丹叛军残部，将之斩尽杀绝。之后木华黎回师锦州，击破张致，屠杀了锦州城内数十万人。
木华黎率领3万之众，在1年多的时间里就征服了东北百万土地，千万人民，其军事才能即使是凯撒也难以望其项背。因为他卓越的军事成就，他被东北各族豪强尊称为国王。
此时木华黎的攻城战术已经发生了巨大的变化。他先驱使俘获的城邑郊野的百姓在前，首先登城。这些百姓很多都是守城将士的亲人，守军目睹亲人哭喊之惨，斗志立即丧失。趁守军军心动荡，特种部队会乘热气球飞临城头，用炸药掩护精锐特种兵索降到城头，杀散守军，打开城门，蒙军主力随后一拥而入。热气球随后继续向城内搜索，摧毁敢于与蒙军巷战的敌军堡垒。长期困扰蒙军的攻城战问题，随着特种部队空中力量的日益完善已经得到彻底解决。
巴根台目睹屠城之惨，内心也已经没有了一丝怜悯，他正在逐渐变成一部真正的杀人机器。为了救上京城的百姓，他曾经不计生死孤身入城，可是现在的他，下令屠杀无辜眼睛都不眨，对生命他已经完全的漠视。他心中那个理想之国只剩下了一个模糊的影子。
他已经从13岁的孩子变成了18岁的英武青年，先登破敌不知道有多少次了，数也数不清。但是那种万马军中独占鳌头的喜悦，人中之雄的豪迈之气却越来越淡漠，他的情感越来越麻木，战火硝烟摧毁了他坚强的神经。
在蒙军节节胜利的成吉思汗十一年（1216年）春，发生了蒙古北部林中诸部的叛乱，接着又发生了花剌子模讹打剌城守将杀死蒙古商队的