山东是直隶的最后一道屛壁，明军占领了山东后，就可以直接进攻直隶，进而直上大都。慕容燕得到消息后，决定亲赴前线，主持这灭元的最后一战。而位于后方的应天，则交给了刚刚投奔明军的刘基。慕容燕命他负责北伐大军的后勤。
……
半年后，大都城，只见城头上杀声如雷，箭矢如雨，两只军队正在围绕着城池的归属而进行着激战。
早在五个月前，明军就已经攻到了大都城下，可大都不愧为元廷的都城，明军攻打了五个月，都没有攻下来。但历经五个月的强攻。大都也已是强弩之末了。
突然，紧闭的城门被缓缓打开，位于城门外的明军高声叫喊着“城破了！”冲进了城门……
元顺帝至正十八年，历经五个月的奋战。明军终于攻破了大都城。元顺帝逃往漠北，威震世界的元蒙帝国就此覆灭。
灭亡了元朝后，慕容燕在大都宣布正式建国，国号为“明”。改大都为北京，定位都城，改元“慕平”。定明教为国教，并在全国各地修建大光明寺。为了使明教能更为中原人士所接受，慕容燕组织人手，参考释、道、儒三家典籍，开始修改教规、教义，将赤身安葬等不被中原百姓接受的规矩尽数废除，但济世为民等主要宗旨没有变。
慕容燕仔细考量后，借鉴基督教和伊斯兰教的制度，在新国家采用了政教合一的政体。国家的最高首脑称为教皇，同时也是明教的最高首脑，慕容燕为明朝第一代教皇。在教皇之下，设有十二名圣火使，辅佐教皇，原有的光明使者、法王、散人等职务尽数取消。
虽然圣火使是明教中教皇以下的最高职务，但原明教高层却并无多少人位列其中，十二名圣火使中大半是像刘基、朱升这样后加入的谋臣。盖因圣火使不但是明教中的重要职务，同时还肩负着治国的重任。像殷天正、韦一笑等原明教高层，虽然武功高强，但却并无多少治国才能，若是让他们担任了如此重任，那必定将国家治理的一片混乱。所以原明教高层中，最后只有杨逍、范遥、彭莹玉、铁冠道人四人成为了圣火使。
为了不亏待许多不适合做官的原教中功臣，慕容燕特设了元老院来安置他们，殷天正、韦一笑、周颠、冷谦、说不的等都加入其中。慕容燕还规定，除教皇是终身制以外，其余官员包括圣火使在内，都要在七十岁致仕。而到达一定品级的官员，致仕后就可加入元老院。元老院最重要的一项职能就是任免教皇。为了限制教皇，防止他胡作非为，现任圣火使中有三分之一的人提议，就可以召开元老院会议。在会议上，有超过三分之二元老同意，就可以罢免教皇。当老教皇去世或卸任后，元老院中的元老就要用投票的方式，在现任的十二名圣火使中选出新的教皇。
慕容燕在赶走了蒙古人后，又相继派兵平定了西域、云南、四川等地，将中华彻底统一。
两年后，慕容燕见国事日渐平稳，新生政权日渐安定，便决定离开倚天的世界。于是他召集群臣，宣布了退位的决定。群臣不明他为何突然在正如日中天的时候要退位，纷纷进言苦劝，往他收回成命。但慕容燕心意已决，坚决要退位，群臣无法，只得由着他。慕容燕退位后，等待元老院选出新的教皇后，就在教皇宫前的广场上，携赵敏、周芷若、小昭、黛绮丝四女一起回到了九空无界。
赵敏、周芷若、小昭三女早已情系慕容燕，不论慕容燕到哪里，她们都会追随。而黛绮丝会和慕容燕一块走，则是因为小昭。经历了这么多年的风风雨雨，紫衫龙王除了小昭这个女儿外，在这世上已经再无牵挂。当她听说小昭要跟慕容燕离开，再也不会回来后，就义无反顾的要求要随行。
因为慕容燕是在教皇宫前的广场上离开的，当时目睹了他消失过程的人众多，消息传出后，人们对于这种不能理解的现象展开了各种猜测。时间久了以后，倒是在倚天世界留下了一个“第一代教皇是明尊派下来的使者”的传说。