在308集中有很明显的一次，那时候毛利还没晕，柯南就用毛利声音说话了·········事后毛利小五郎居然一点都不怀疑，实在是无法解释这位前资深刑警，除非他真的是在装晕！
在mv-9水平线上的阴谋那集，毛利比柯南更早发现了真凶．平时不在意的他看到与妻子长相相似的凶手就显出本色了。
剧场版《通往天国的倒计时中》，园子和少年侦探团在试用一台可以预见10年后模样的机器，柯南自然闪了，但毛利硬让他试，可以看出毛利极有可能知道了柯南的真实身份。
毛利对柯南态度一直都很差，但似乎柯南从没有得罪过他，最可能的原因是他知道柯南就是那个让小兰伤心的高中生工藤新一。
小五郎约会杀人事件毛利干脆自己假装睡掉，而之前和他一起的只有柯南一人，显然意识到了柯南在做什么·········
只要只有柯南和小五郎两个人时，小五郎对柯南的态度就大转变，像是一起破案的伙伴。而每次柯南如果很认真地来和小五郎说他发现了什么，小五郎都会相信。
很多集，大叔被打针后都会说一些话，比如：“啊！我要开始了！”或者“啊！沉睡的小五郎出现了！”还有如“你还真狠心呢！好歹让我先喝一口吧！”又或者是“又来了，怎么这么突然呢！好歹先打声招呼啊！”···········
被麻醉的毛利小五郎总会像是有意识的寻找墙体或椅子·········
这么多小细节，完全可以证明毛利小五郎早就发现了柯南的真实身份——不要忘记，工藤新一可是和小兰青梅竹马，毛利小五郎看着长大的，他完全知道工藤新一小时候的长相，更何况还有很多照片作为证据，就算是一个普通人也早就该怀疑了！
很有可能，毛利小五郎早就与阿笠博士通过气，后期的麻醉针，实际上早已没有效果。
这就是可以解释了为什么毛利小五郎没有对麻醉针产生抗药性，这是最好也是最完美的解释。
如果这个解释是真的话，那么毛利小五郎所做的这一切到底是为了什么呢？
单纯的不揭穿柯南的真实身份，并不会对局面有什么好处，毕竟毛利一家早就生活在漩涡中了（楼下就有安室透在打工·····而他是潜伏在组织的卧底）。
这就显得他有些神秘了。